食品包装机械存在的主要问题有：与国外产品的差距大。我国食品包装机械近几年来取得了很大的成绩，但与国外产品相比仍存在20年的技术差距。单机多，成套少;主机多，辅机少;技术含量低的产品多，高技术、高附加值、高生产率的产品少;通用机型多，特殊要求、特殊物料加工的机型少。机械产品的质量差距主要表现在稳定性和可靠性差、造型落后、外观粗糙、基础件和配套件寿命短、无故障运行时间短，绝大多数产品还没有制定可靠性标准，产品性能与国外同类产品相比，生产能力低、能耗高。较好的产品小时生产能力仅是国外先进水平的1/2，能耗成倍地高于国外先进产品水平。目前我国的食品和包装机械只有5%达到国外上个世纪90年代水平，20%达到国外80年代水平，还有60%才达到国外上世纪70年代的水平。
科研开发能力低。我国绝大多数食品加工和包装机械制造企业属于中小企业，基本上不具备自主研发能力。由于科研投入不足，研究院所和高等院校的实验条件不完善，造成我国市场上的产品主要还是仿制、测绘或稍加改造的国产化，产业主体技术依靠国外，有自主知识产权的产品少。根据规定，技术开发投入可占销售收入的3%，但大多数企业投入的资金都很少，无法保证新产品、新技术的开发。产品开发缺少创新，开发手段落后，不能紧跟市场需求及时提供产品。
企业规模小，重复建设严重。我国的食品包装企业大部分规模偏小，“小而全"是其主要特征之一，多数企业年产值在几百万到1000万之间，低于100万的企业为数还不少。人均劳动生产率多数企业在10万人民币以下。每年有近15%的企业转产或倒闭，但又有15%的企业加入这个行业，极其不稳定，同时有的企业不顾行业发展要求，重复生产成本低、工艺水平比较落后、易于制造的机械产品。行业内目前大约有1/4的企业存在低水平重复生产现象，这是对资源的极大浪费，造成了包装机械市场的混乱，阻碍行业的发展。